Los pescadores de Fuenterrabía partían con sus embarcaciones a remo y vela desde su puerto refugio que se encontraba, no en la ubicación actual, sino en la pequeña ensenada existente justo al pie del faro de Higuer. Hay noticias de este emplazamiento desde el año 1203. Para encontrar un dato referido a este puerto en el siglo XVII, hemos tenido que llegar a 1658 fecha en la que se dice que fue objeto de importantes mejoras.

Las expediciones de nuestros pescadores a Terranova eran frecuentes, primero por la caza de las ballenas, y más tarde movidos por los importantes bancos de bacalao de aquellas aguas de los mares del norte. Prueba evidente de que nuestros pescadores anduvieron por allí, son las estelas funerarias que hoy día pueden contemplarse en el cementerio de Saint Pierre, con inscripciones en euskera  como "Dahemen hilai o Mai 1676" (Yace aquí muerto Mayo 1676). Curiosamente no encontramos ninguna referencia a una de las principales fuentes de riqueza pesquera de nuestro tiempo, como son los túnidos.

La caza de la ballena era una práctica habitual. En el año1659, los balleneros de los puertos cercanos trabajaron durante cuatro días para cazar una ballena frente a los acantilados de Socoa. Los vascos tenían un nombre para un determinada especia de ballena, la llamaban "Sardako Balea".

En 1688 en Fuenterrabía se detectaron una ballena y su cría que llegaron a arponear pero no acabaron con ella. La remataron los de Hendaya pero se la llevaron los hondarribitarras. Tras la protesta de los franceses aceptaron donar la mitad de la captura. Entretanto, en el río Bidasoa se pescaban truchas, anguilas, corcones, barbos, colaques y albures. Así consta en un documento datado a finales del siglo XVII referido a la pesca en uno de los pozos de Endarlatza denominado Montoya.

Pero la más importante era la pesca del salmón que en aquella época se realizada por medio de nasas, consiguiéndose más de 1000 ejemplares al año. Se tiene conocimiento de que ya existían nasas en el Bidasoa desde 1573.

En 1679 se produjo un hecho que tuvo serias repercusiones en la economía local, los franceses destruyeron las nasas salmoneras del Bidasoa.

En virtud de un acuerdo de 1685 entre Hendaya y Fuenterrabía, se permitía a los franceses pescar en el Bidasoa, repartiéndose entre ambas poblaciones el producto de la pesca. Los de Irun quedaron al margen no permitiéndoseles redes o anzuelos en el río al menos hasta 1690.

Parece ser que en el río, eran habituales los pescadores furtivos, de quienes se decía hacían estragos con sus malas artes, utilizando para pescar, cal, cáscaras de nueces verdes y otras cosas consideradas “dañosas”. En una de las sesiones del Concejo de Irun, concretamente la celebrada el 24 de agosto de 1646, se amenazó con fuertes multas a quienes utilizaran métodos no legales para la pesca. 

Un detalle curioso es que en el siglo XVII un buen número de marineros que se embarcaban en Fuenterrabía eran de Irun. Vivían en unas rústicas moradas en las cercanías de la ermita de Santa Elena, hasta donde llegaba el agua. En el lugar llamado Istillaga, y que hoy conocemos como calle de Santiago, había un importante astillero.

En agosto de 1661 Irun aportó cinco marineros de los doscientos que la Provincia mandó embarcar en la nave Capitana  que se encontraba en Pasajes. Aunque los datos son de algunos años más tarde, en 1718 había registrados en la “matrícula de mar”, 72 iruneses. Años más tarde, en 1723, se dice que 30 marineros de la aldea de Irun salieron a cazar ballenas.