El proyecto de la Ikastola, o de la escuela vasca, surgió en medio de una reunión en Bidania. Se trataba de crear una escuela que educase en euskara a los niños de cada pueblo.

En 1962 la Ikastola de Irun inició su andadura.

El primer local estuvo en antiguo Batzoki, en la calle Mayor. El 22 de noviembre de 1962 se abrió sin ningún tipo de permiso oficial. Tuvo luego otras localizaciones: el colegio La Salle,  El Pilar, la sociedad Oargi…

En 1972 la Ikastola de Irun obtuvo la legalización bajo ese nombre, Junkaleko Ama Birjinaren Parroki Eskola-Escuela Parroquial Nuestra Señora del Juncal, y en la dirección constaba el barrio de Jaizubia.

Al mismo tiempo se estaba gestando un proyecto de mayor envergadura, un nuevo edificio para la Ikastola. En 1970 eligieron el solar de Jaizubia. En 1976 comenzó la construcción del mismo y se discutió sobre la posibilidad de que la Ikastola fuese una sociedad anónima o una cooperativa.

El edificio destinado a Primera Enseñanza fue construido entre 1977 y 1979.

En 1983 la propiedad pasó a manos de Txingudiko Ikastola Kultur Elkartea y en adelante el nombre de la Ikastola sería Txingudi Ikastola.

La construcción de los edificios de Educación Infantil y Segunda Enseñanza Obligatoria finalizó en 1.992.

El 19 de febrero de 1993 el Gobierno Vasco promulgó el Proyecto de Ley sobre la Escuela Pública Vasca. La Ikastola debía elegir: mantener su carácter privado o integrarse en la red pública.

En marzo de 1994 la Ikastola se convirtió en pública y el Gobierno Vasco pasó a ser el nuevo titular.