En su fachada principal además de la inscripción "Sebastián de Urdanibia reedificó esta casa en 1612" se puede admirar el escudo esculpido en piedra de los Aranzate, quienes estaban emparentados con los Urdanibia.

Es posible que se trate de una construcción noble levantada posiblemente sobre el viejo emplazamiento de la casa solar de la familia. Presenta una planta rectangular, sillería bien apurada en la fachada principal y menor en otras caras.

Una cornisa recorre todo el borde superior de la fachada.

En 1889, el entonces propietario, Rafael Gaztelu, Marqués de Echeandia, había encarado una nueva reconstrucción a los arquitectos Pedro de Recondo y Juan José de Aguinaga. 

En 1982 el Gobierno Vasco acometió una importante obra de restauración, se sustituyeron sus aleros lanzados, labrados con canecillos y relieves de madera, por otros forjados en hormigón.

Como consecuencia de dichas obras se pudo comprobar la existencia en su interior de muros pertenecientes a una casa-torre cuya antigüedad podría remontarse a la alta Edad Media.

El palacio de Urdanibia se encuentra en la zona del mismo nombre, a unos pocos kilómetros del centro de la ciudad y sobre un vado del arroyo de Kaizubia que, dicho sea de paso, es un modesto afluente del río Bidasoa.