L'église de Notre-Dame des Joncaux  tire son nom de l'apparition, vers 1400, d'une statue de la Vierge dans les joncaux qui bordent l'estuaire de Bidasoa.
L'église est un magnifique exemple de gothique tardif Basque. La construction a commencé en 1508 sur un temple précédent.

 La première pierre a été posée par M. Hurtado de Luna, gouverneur du château de Fonterrabie. Ce ne fut achevée qu'en 1606 il est donc un ensemble d'éléments de différents styles architecturaux. Il a fallu un siècle pour la construire. L'horloge a été placé  en 1604, en 1606 la pale et le ballon, le premier organe est de 1613 et la sacristie de 1620.

La pierre utilisée et de la montagne de Jaizquibel, qui furent portées en petits bateaux des la force Urdanibia au pied de l'église.

Dispose de trois nefs d'égale hauteur. La nef centrale a 45 m. long, 24 de large et sa hauteur est de 22 m. L'entrée principale est du baroque initial et se compose de deux corps. Le temple est éclairé par des fenêtres dans les allées qui ont été ouverts à la fin du XVIIe siècle.
En opinion du professeur E. Artamendi, le  clocher de l'église est un travail que Fray Miguel de Aramburu conçu en 1600.
Il est à noter le retable principal conçu en 1643 et dont les auteurs étaient Bernabe Cordero, dans sa partie architecturale, et Juan de Bazcardo dans la sculpture. Il a été achevé en 1650. Sur l'autel principal est la figure de la Vierge, du XIe siècle, qui est la plus ancienne sculpture romaine de la province de Gipuzkoa
L'église abrite aussi à l'intérieur d'un organe centenaire restauré en 2009.
L'église de Notre Dame des Joncaux a été déclaré monument historique et artistique national en Juin 1973.