Junkal-eko elizak bere izena zor dio, 1400etarantz, Birjinaren altuerako agerpenari Bidasoa-ko estuarioa inguratzen zuten ihitokietan.
Eliza euskal gotiko beranteko ale bikaina da. 1508an eraikitzen hasi zen aurreko tenpluaren gainean. Hurtado de Luna Jaunak, Fuenterrabía-ko gazteluko gobernadoreak, lehen harria jarri zuen. Ez zen amaitu 1606ra arte eta beraz estilo arkitektoniko desberdineko elementuetako taldea|janzkia|multzoa da. Mende bat hura eraikitzeko behar izan zen. 1604an erlojua jarri zen, 1606an globoa eta haize-orratza, lehen organoa 1613tako eta 1620ko sakristiako da.
Erabili ziren Jaizquibel mendiko harri harlanduak, gabarretan lan-oin bererainoko Urdanibia-ko ontziratzeko tokitik ekartzen zirenak

Altuera berdineko hiru habearte dauzka. Habearte zentralak 45 luzera-m., zabalerako 24 eta bere altuera neurtzen ditu da 22 m-eko. Portada nagusia hasierako barrokoko da eta bi gorputzez osatuta dago. Tenplua argitzen da alboko habearteetako XVII mendearen amaieran ireki ziren leiho zabalen bitartez. 
E. Artamendi irakaslearen ustez Juncal-ego elizako dorreko kanpandorre berezia Miguel de Aramburu Fraiak 1600ean diseinatu zuen lana da.
Erretaularik handiena, lan 1643an ulertutako eta zeinen egileak, bere parte arkitektonikoan, Bernabé Cordero, eta Juan de Bazcardo izan zirena, eskulturan nabarmentzea da. 1650ean amaitu zen. Bere aldare nagusian aurkitzen du, XI-a mendeko, Gipuzkoa-ko probintziaren altuera erromaniko zaharrena den Ihitokiko Birjinaren irudia
Elizak 2009an zaharberritutako ehun urtetik gorako organoa du bere barnean ere.
Juncal-eko eliza deklaratu zen Nazio-Monumentu Historiko-Artistikoa 1973ko ekainean.