En 1673 existían en Irun seis ermitas, Santa Elena, San Marcial, San Antonio, Artiga, Sto. Cristo de Elizacho y San Antón.

La de Santa Elena está considerada como uno de los espacios religiosos utilizados como lugar de culto desde hace veinte siglos.

Lo más importante que alberga su interior son los restos de un antiguo cementerio y el de un templo romano del siglo I que fue utilizado en la época medieval como iglesia cristiana.

Se encuentra a orillas de la regata de Estebenea.

Se trata de un edificio rectangular con tejado a cuatro aguas y muros de sillería. Fue lugar de culto desde antiguo, como prueban las excavaciones realizadas durante los años 70, que permitieron descubrir una necrópolis de época romana con más de cien urnas de cremación y los restos de un templo romano anterior al siglo I.

La ermita ha sido después reconvertida en museo, donde se exponen los restos hallados in situ.  

 La portada, de estilo isabelino, es del XIX.

Es la única ermita del siglo X encontrada en Guipúzcoa. Entre las muchas reconstrucciones de la ermita, una de las más importantes tuvo lugar en 1667.

En mayo de 1972 la Sociedad de Ciencias Aranzadi inició una exploración del subsuelo, descubriendo una necrópolis romana de los siglos I y II d.C. y los restos de lo que pudiera ser un templo indígena.

Según se hace constar en un documento de 1694, en las cercanías de la ermita existía un artístico humilladero conocido popularmente como el de "Santucho". Los humilladeros eran un lugar devoto a la entrada de los pueblos, con una cruz o imagen que se erigía como muestra de piedad por parte de sus vecinos.

En el mismo lugar donde se erige la ermita se hallan los restos de un templo romano del siglo I y otros de una necrópolis indígena.

La ermita de Santa Elena se encuentra dentro de los límites del barrio de Meaka y está situada junto al Canal Dunboa en la Calle Ermita / Ermita Karrika.

Fue declarado Monumento Histórico Artístico de Carácter Nacional, s/ Decreto 265/1984, de 17 de Julio de 1984.