Mucho antes de la instalación de la Aduana en Irun existieron otras instituciones que controlaban el comercio por las fronteras.

Hubo en época medieval un puerto seco -entendiendo como tal lo que ahora conocemos como una intermodal para  manipular tráficos portuarios en una zona interior- donde se cobraba el diezmo o derecho de aduana aplicado sobre el valor de las mercancías que entraban y salían de los puertos marítimos.

Más tarde, para evitar que escasearan algunos artículos, establecieron en Irun la Alcaldía de Sacas para controlar la salida fuera del reino de los artículos prohibidos y para fiscalizar el pago de derechos de las mercancías que iban y venían de Navarra. Esta institución funcionó desde el siglo XV hasta mediados del XIX.

Fue en 1841 cuando se estableció de forma definitiva la Aduana en Irun.

La primera aduana estuvo situada en la plaza San Juan y, posteriormente, se estableció en Behobia.

El magnífico edificio de la Aduana central, ubicado en la calle que lleva su nombre, comenzó a construirse en 1882.

Dicho sea de paso, esta calle tuvo anteriormente otros nombres: Pablo Iglesias y  Mártires de Guadalupe, hasta que  el 6 de setiembre de 1979, el primer Ayuntamiento democrático elegido tras la dictadura de Franco, acordó restituir a la calle su primera denominación volviendo a llamarse calle Aduana.

Si bien la aduana trajo prosperidad a Irun y fue una importante fuente de recursos, supuso una limitación para el desarrollo industrial ya que su implantación prohibía la instalación de empresas en un radio determinado. Este impedimento quedó abolido en 1932.