La Aduana de Irun fue instaurada en 1841 por orden del general Espartero, aunque antes ya existían otras instituciones que controlaban el comercio en las fronteras.

Como ejemplo más significativo citaremos  la Alcaldía de Sacas, creada para controlar la salida  del reino de los artículos prohibidos y para fiscalizar el pago de aranceles de las mercancías que iban y venían de Navarra.

La primera aduana estuvo situada en la plaza San Juan, al paso de diligencias y, posteriormente, se estableció en Behobia.

La instalación de la aduana no aportó únicamente ventajas. Las Ordenanzas de Aduanas de 1874 prohibían la instalación de todo tipo de industrias en una distancia inferior a diez kilómetros de la frontera.

Aunque esas medidas restrictivas se fueron suavizando poco a poco, sería a partir de 1932 cuando empezó el verdadero desarrollo industrial de Irun al suprimirse el artículo 298 de dichas Ordenanzas, permitiendo la apertura de fábricas como “La Palmera”,  “Porcelanas Bidasoa”, y otras.

En 1882 comenzó la construcción del edificio principal de la Aduana, sito en la calle del mismo nombre, junto a la estación del ferrocarril .

El primer colegio de agentes y comisionistas de aduanas de Irun fue autorizado por el Gobierno Civil de Gipuzkoa en 1883 y en 1923 se constituyó el “Colegio Oficial de Agentes y Comisionistas de la Aduana de Irun” .