La primera piedra del “Colegio de la Virgen de Pilar” fue colocada el 12 de octubre de 1923, fiesta de la Virgen de El Pilar, con la presencia de José Eguino, párroco de la iglesia Santa María del Juncal.

El colegio estaba regentado por la Compañía de María y la inauguración tuvo lugar en 1927, previo proyecto del arquitecto irunés Manuel Sainz de Vicuña y Camino, diseñador de importantes edificios en Madrid y varias provincias españolas. En fue él 1925 quien llevó a cabo la reforma de la Biblioteca Municipal Ikuts Alaia.

En 1942 se produjo la bendición de la capilla del colegio.

Desde sus comienzos fue un centro que hizo mucho por la educación de nuestros antepasados. En él se educó la mayor parte de la burguesía femenina de la época.

Debe en parte su fundación a la contribución personal Prudencia Arbide, que era poseedora de una fortuna heredada de un familiar emigrado a América. Esta mujer hizo también importantes donativos para el Hospital Municipal y otras obras pías.

En 1936, a consecuencia del incendio que padeció Irun con motivo de la guerra civil, el colegio quedó reducido a escombros, siendo de nuevo Prudencia Arbide la que colaboró en su reconstrucción.

En 1949, siendo alcalde J.R. Aguirreche, el Ayuntamiento aprobó rendirle homenaje nombrándola “Hija Predilecta de la Ciudad”.

En 1956 se creó en el centro una residencia para estudiantes de escuelas de idiomas. Albergó también un liceo laboral que se mantuvo durante algún tiempo.

En el curso 1974-75 desapareció el régimen de internado que existía en el centro y se inició la coeducación a los 4 y 5 años, la cual fue aumentando paulatinamente hasta que en los años 80 se formó un centro de estudiantes mixto, hasta entonces únicamente para féminas.