Una de las versiones del origen de esta columna se refiere al año 1564. Fue supuestamente levantada para conmemorar el hecho de que el Señor de Urdanibia había incendiado su casa-torre de Aranzate en la que estaban alojados 300 franceses.

 Así lo recoge Serapio Múgica en su "Monografía histórica de Irun", aunque no exista constancia de ello en ningún documento del Archivo Municipal de Irun. De haber sido así, tal y como apuntaba el historiador local Antonio Aramburu, en alguno de los escudos que adornan la columna debería aparecer el de Aranzate o Urdanibia. Otro de los argumentos es que la columna fue levantada en 1563, casi 90 años más tarde de que el Señor de Urdanibia hubiera prendido fuego a su casa.

Todo hace pensar que los motivos fueron otros bien diferentes. Durante muchos años los iruneses estuvieron soportando la implacable autoridad que Fuenterrabia ejercía sobre ellos. A partir de 1499 se comienzan a constatar los primeros síntomas de independencia por lo que deciden erigir un monumento presidido por la imagen de San Juan Bautista. No obstante los de Irun no fuimos "independientes" hasta 1766 tras conseguir la exención definitiva de Fuenterrabía, y al mismo tiempo el título de villa.

En la columna aparecen tres escudos: el de los Austrias, el de Guipuzcoa y el de la Universidad de Irun. No existe ninguna referencia que explique la presencia de San Juan Bautista en la columna, tan solo el hecho de que el árbol de San Juan presidiera la plaza que en la actualidad lleva su nombre.

Otro hecho tampoco demostrado, al que se refiere Víctor Hugo, es que el mismísimo Napoleón estuvo apoyado sobre la columna, mientras sus tropas iban camino del interior de la península.