La première chapelle à Anaka, était dans le sous-sol de la Société Casino Anaka dans la place F. Iratxeta.

Plus tard dans l'un des locaux de la rue Peñas de Aya.

En 1979, la paroisse actuelle de Saint-Jean-Baptiste a été inauguré.
Mais bien avant, le culte le plus proche pour les gens du quartier de Anaka était église  des PP.  Passionistes, rue de la gare.

En 1961, a été officiellement inauguré l'église de San Gabriel et Santa Gema, voici son histoire:

La première communauté passioniste a été installé en 1916 au numéro 34 de la rue Fontarrabie.

En 1923, les PP. Passionistes  ont acheté un terrain à côté de la gare. La première pierre a été posée le 29 Juillet 1923.
Le projet de construction est de l'architecte José Gurruchaga et le coût du travail était de 400.000 pesetas.

Le 8 Août 1926, a eu lieu l'inauguration, présidée par l'archevêque de Valladolid, D. Remigio Gandasegui.
Le temple avait des cloches pour appeler les fidèles. Les cloches qui marquaient les heures d'horloge ont été placées en 1935.

Au début de la guerre civile en 1936, les passionistes ont été contraints de fermer l'église, laissant le temple sous la garde du PNV (Parti Nationaliste Basque).

Quelques mois plus tard, les républicains ont brûlé l'église, les vitraux de la coupole furent sérieusement détérioreés .

Le 4 Octobre 1936, une bombe est tombée, mais n'a fait aucun blessé.
Lorsque les forces du  général Franco ont occupé Irun, les passionistes ont pu rentrer et commencer la reconstruction du temple qui a duré près de trois ans.

Un détail curieux est que en Janvier 1940, les  passionnistes avaient la permission pour les messes dominicales en basque.

Très peu de gens savent  que la plupart des travaux intérieurs qu'ont été projetés en 1942, sans frais, par Luis Tolosa Amilibia: l'autel principal, les confessionnaux, le reliquaire, le maître-autel, de citronniers, la chapelle du Christ et les portes de fer forgé.

Ceux-ci sont, dans l'ordre chronologique, quelques-unes des œuvres réalisées plus tard.
En 1944, pour élargir la rue actuelle Anaka, un mur a été batu.
En 1952, la chapelle intérieure, et un an plus tard, le bâtiment annexe populairement connu comme Oargui a été construit.

En 1955, d'importants travaux ont commencé, le dôme a été réparé et recouvert de carreaux. En 1970, on a eu un incendie spectaculaire dans l'un des bâtiments annexes, causant d'importants dégâts.

Les travaux les plus importants ont été réalisés entre 2002 et 2008, années où la paroisse a été fermée . Plusieurs dépendances ont été démolies et construites autres nouvelles, et le temple,  à la fois interne et externe, a été entièrement rénové.