La iglesia de Nuestra Señora del Juncal debe su nombre a la aparición, hacia 1400, de una talla de la Virgen en los juncales que bordeaban el estuario del Bidasoa.

La Iglesia es un magnífico ejemplar de gótico tardío vasco. Comenzó a construirse en 1508 sobre un templo anterior. La primera piedra fue colocada por D. Hurtado de Luna, gobernador del castillo de Fuenterrabía. No se terminó hasta 1606 por lo que es un conjunto de elementos de distintos estilos arquitectónicos. Llevó un siglo construirla. En 1604 se colocó el reloj, en 1606 el globo y la veleta, el primer órgano es de 1613 y la sacristía de 1620.

Se emplearon sillares de piedra del monte Jaizquibel, que se traían en gabarras desde el embarcadero de Urdanibia hasta el mismo pie de obra. Dispone de tres naves de igual altura. La nave central mide 45 m. de largo, 24 de ancho y su altura es de 22 m. La portada principal es de un barroco inicial y consta de dos cuerpos. El templo se ilumina mediante ventanales en las naves laterales que fueron abiertos a finales del siglo XVII. 

En opinión del profesor E. Artamendi el singular campanario de la torre de la iglesia de Juncal es obra que Fray Miguel de Aramburu diseñó en 1600.

Es de destacar el retablo mayor, obra concebida en 1643 y cuyos autores fueron Bernabé Cordero, en su parte arquitectónica, y Juan de Bazcardo, en la escultórica. Se terminó en 1650. En su altar mayor se encuentra la figura de la Virgen del Juncal, del siglo XI, que es la talla románica más antigua de la provincia de Gipuzkoa

La iglesia alberga también en su interior un órgano centenario restaurado en 2009.

La iglesia del Juncal fue declarada Monumento Histórico-Artístico Nacional en junio de 1973.