Né en 1971 à Saint-Sébastien, il a commencé sa formation cuisinier à l'École d’Hôtelière  de Saint-Sébastien.

Quelques années plus tard, il a commencé à travailler au restaurant « El Bulli » avec Ferrán Adriá, où il a acquis une grande expérience.

En 1998 il a ouvert son propre  Restaurant « Mugaritz », qui en 2006 a obtenu deux étoiles Michelin.

Depuis cette date, selon le magazine « Restaurant », Mugaritz demeure parmi  les dix meilleurs Restaurants du monde.
Andoni a enseigné à l'Université du Pays Basque, à l'Université de Deusto, au  Centre de formation d'Alain Ducasse en France et à l'école Le Culinary Institute of America aux Etats-Unis, entre autres. Il a aussi participé à plusieurs conférences scientifiques dans les plus prestigieux Centres Gastronomiques.
Parmi ses nombreux prix, nous trouvons:

Prix National de la Gastronomie (2002)

Meilleur rénovateur selon l' «Académie Basque de la Gastronomie» (2003),

le prix « Chef’s Choice Award » (2006 et 2012) et le prix «Eckart Witzigmann» (2012).    

Andoni est également l'auteur ou co-auteur de nombreux livres de cuisine.